Sverige är skakat. Utanför Oskarhamn har ett förkolnat lik hittats och det mesta tyder på att det är kvarlevorna av den sedan en tid försvunna näringsministern Björnsson. Enhetens chef Johanna Stjerne sätts på fallet. Men det är inte det enda fallet på Enhetens bord. De har snappat upp signaler som potentiellt är katastrofala för rikets säkerhet. GAF, Gröna Armé Fraktionen, sägs ha lierat sig med ett ungt, amerikansk bombgéni för att tillverka en atombomb som ska användas mot svenskt mål. Lyckas man hitta amerikanen innan det är för sent? Kommando 2010 är den femte av sju delar i deckarserien om den hemliga organisationen Enheten.
